Activitatea Institutului de Cercetare Făgăraș este coordonată de Echipa de Management, condusă de Directorul Executiv.

În cadrul Echipei de Management funcționează următoarele sub-echipe:

• Management și Comunicare Internă, care asigură funcționarea Institutului din perspectivă logistică și operațională;
• Cercetare și Publicații, care coordonează activitatea editorială și de cercetare a Institutului, inclusiv Editura Institutului de Cercetare Făgăraș;
• Comunicare și Evenimente, care asigură comunicarea externă și buna organizare a evenimentelor Institutului; și
• Granturi și Parteneriate, care susține membrii rețelei de cercetători și experți în accesarea de granturi și identificarea de parteneri.